1952年全国院系调整，北大工学院的机械、电机、土木、建筑四个系合并到清华大学，化工系合并到天津大学；北京大学工学院的建制取消。
随着我国社会的发展，现代工业技术愈加处于关键地位。北京大学原有的学科设置偏向文、理、医等学科，在基础学科教学、科研实力占据国内首屈一指地位的同时，面向现代工业技术的工程学科未得到充分发展。
在这样的背景下，与国家需求、经济建设相结合，创造自主知识产权，实现工业兴国战略，帮助北京大学基础学科研究成果进行产业化转化，为祖国的建设服务，就成了摆在北京大学面前的一项重要使命；另一方面，北京大学要建设成为世界一流大学，在未来尖端新技术的前沿学科和交叉学科占有一席之地，学科完备十分重要。这些需求，就要求北京大学大力发展工程学科。
北京大学在工程技术人员培养、应用科学研究及技术开发等方面有进一步提高的空间。从目前的条件和国家发展形势来看，北京大学有条件组建起点较高的新的工学院的模式，使之成为完备的研究型大学。
2005年2月，北京大学校长办公会议决定利用自身强大的理科、医科以及人文科学的综合学科优势，重新创建工学院。工学院从成立开始就从高起点出发，立足于尖端科技、交叉学科，着眼于未来工程科学和新技术的发展方向，面向国家迫切需要及关系国家中长远经济发展的科学与技术研发。
因此，北大工学院的发展不片面追求规模，而是以培育核心创造能力为中心，有所为、有所不为，优中求精。同时，学院采用与国际接轨的院长负责制，实行“教授治学，民主治院”。重建以来，学院在学科发展、队伍建设、科学研究、人才培养、合作与发展等方面取得了突出成绩。
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